სახელმწიფო აუდიტის სამსახურის შეფასებით, საქართველოს „წითელი ნუსხის“ მართვის პროცესში მნიშვნელოვანი სისტემური ხარვეზებია. ნუსხა, ფაქტობრივად, დაახლოებით 20 წელია შინაარსობრივად არ განახლებულა. მიუხედავად იმისა, რომ კანონმდებლობა მის ყოველ 10 წელიწადში გადახედვას ითვალისწინებს, 2006 წელს დამტკიცებული ჩამონათვალი 2014 წელს მხოლოდ ფორმალურად დამტკიცდა ხელახლა. ამ პროცესში ნუსხას ახალი სახეობები არ დამატებია, არცერთი სახეობა არ ამოუღიათ და მათი კონსერვაციული სტატუსებიც არ შეცვლილა.
აუდიტი მიუთითებს, რომ გარემოს დაცვისა და სოფლის მეურნეობის სამინისტროს წამყვანი როლი მკაფიოდ განსაზღვრული არ არის. ასევე არ არსებობს პროცესის ერთიანი მმართველობითი მოდელი, პასუხისმგებლობები უწყებებს შორის სათანადოდ არ არის განაწილებული, ხოლო კოორდინაცია არასაკმარისია.
პრობლემურია მონაცემების შეგროვებისა და მართვის სისტემაც. ბიომრავალფეროვნების შესახებ ინფორმაცია სისტემურად არ გროვდება, სხვადასხვა უწყება მონაცემებს განსხვავებული მეთოდებით აგროვებს, ქვეყნის მასშტაბით არ მოქმედებს მონიტორინგის ერთიანი სტანდარტი და არ არსებობს ბიომრავალფეროვნების ერთიანი მონაცემთა ბაზა. ამასთან, სათანადოდ არ არის დანერგილი შეგროვებული ინფორმაციის ხარისხის კონტროლის მექანიზმები.
სანდო და განახლებული მონაცემების ნაკლებობის გამო, მოქმედი „წითელი ნუსხა“ შესაძლოა სახეობების რეალურ მდგომარეობასა და მათ კონსერვაციულ სტატუსს აღარ ასახავდეს. ეს პრობლემები აფერხებს როგორც ნუსხის განახლებას, ისე გარემოსდაცვითი პოლიტიკის ეფექტიან დაგეგმვას.
ხარვეზებია ფინანსური რესურსების დაგეგმვის მიმართულებითაც. აუდიტის შეფასებით, დაცული სახეობების აღდგენისა და შენარჩუნებისთვის საჭირო თანხები ერთიანი პრიორიტეტებისა და სრულყოფილი მონაცემების საფუძველზე არ იგეგმება. არ არსებობს გრძელვადიანი ფინანსური გეგმა, რომელიც განსაზღვრავს, რომელ სახეობას რა მოცულობის დაფინანსება სჭირდება. ასევე რთულია იმის შეფასება, რამდენად ეფექტიანად იხარჯება გამოყოფილი რესურსი, რადგან ღონისძიებების შედეგების გასაზომად მკაფიო ინდიკატორები არ არის განსაზღვრული.
სხვადასხვა სააგენტოს საქმიანობა საერთო საბიუჯეტო ჩარჩოში სათანადოდ კოორდინირებული არ არის. პროექტების ნაწილი დონორებისა და კერძო კომპანიების დაფინანსებაზეა დამოკიდებული, თუმცა ეს ღონისძიებები ერთიან სახელმწიფო გეგმაში სრულად ინტეგრირებული არ არის.
აუდიტი სამინისტროს მოუწოდებს, არსებული ფინანსური და სამეცნიერო რესურსების გათვალისწინებით შეარჩიოს „წითელი ნუსხის“ განახლების პრაქტიკული მიდგომა და ამოცანები პრიორიტეტების მიხედვით დაალაგოს. ამასთან, ანგარიშში საუბარია ფინანსური დაგეგმვისა და რესურსების ეფექტიანად გამოყენების პრობლემებზე და არა კონკრეტულად მითვისებულ ან უკანონოდ დახარჯულ თანხებზე. კონკრეტული ფინანსური ზარალის ოდენობა აუდიტს არ დაუსახელებია.